跨性別醫療議題
性別不安
性別不安是指個體因為原生性別與性別認同不相符
而產生困擾或焦慮的現象
其診斷需經由精神科醫師安排心理師進行心理衡鑑
而在精神疾病診斷與統計手冊DSM-V中，診斷判定為「性別不安」前
須至少符合以下兩個標準並持續六個月以上：
1. 強烈渴望成為自身指定性別以外的性別
2. 強烈希望被視為自身指定性別以外的性別
3. 自身性別特徵與性別表達經歷之間存在顯著的不一致
4. 強烈渴望自身指定性別以外的性別特徵
5. 由於自身性別特徵與性別表達經歷不一致而強烈希望擺脫它
6. 堅信一個人具有與自身指定性別不同的典型性別的反應和感受
部分精神科醫師會要求個案進行「實際生活體驗」(RLE，Real-life Experience)：
用其性別認同之性別在日常中工作、上學，以確定該個案可以在社會中適應良好
經由心理衡鑑的報告、上述各項條件觀察後
精神科醫師才會開出正式的「性別不安證明」
賀爾蒙治療
在現代並不會透過醫療手段來改變一個人的性傾向
但跨性別則可能會以醫療的方式，調整其原生生理性徵，使之貼近其性別認同
若要透過醫療方式改變性徵，需先從精神科取得性別不安證明
並持性別不安證明，至內分泌科、婦產科取得藥物進行賀爾蒙治療
賀爾蒙治療(HRT，Hormone Replacement Therapy)
對於原性別之第二性徵已發育的人來說，相當於經歷第二次青春期
跨性別者一旦使用藥物，就必須長期追蹤體內各項賀爾蒙濃度
（基本上是要一輩子服用，因為本身不會產出非原生性別之賀爾蒙）
男跨女、女跨男分別需要使用的賀爾蒙與其影響如下：
身分
藥物
可能影響
抗雄激素
1. 體內睪固酮含量降低
2. 性慾下降
3. 體毛（鬍子及四肢、軀幹）量減少、變細
4. 男性性功能降低或喪失
（較不易起生理反應、精子停止製造）
男跨女
雌性激素
1. 皮下脂肪增多
2. 皮膚相對變光滑
3. 全身脂肪分布位置改變
4. 較易怕冷
5. 胸部隆起
6. 情緒較為不穩定等
女跨男
雄性激素
1. 性慾上升
2. 月經停止
3. 體毛增加（鬍子及四肢、軀幹）
4. 全身肌肉比例增加
5. 聲音變的較為低沉
性別重置手術
部分跨性別者在經過約兩至三年的賀爾蒙治療
以及精神科、內分泌或婦產科的持續追蹤後
會進行性別重置手術（Sex reassignment surgery, SRS）
若要進行手術，需要第二位精神科醫師開出第二張性別不安證明
並經過父母同意才可以實施
而性別重置手術包含以下兩部分
1. 摘除原生之性器官、性腺
2. 重建另一性別之性器官
除性別重置手術以外，還有可能會進行以下整形外科手術
1. 臉部女性柔化手術
2. 聲帶手術（並消除喉結）
3. 隆乳手術／平胸手術
「並非所有跨性別者都會進行以上手術」
部分跨性別者在進行賀爾蒙治療後，即可改善性別不安的狀況
部分人則極其厭惡其原生性別之性器官，因而會選擇進行性別重置手術
然而性別重置手術費用昂貴、重建之性器官可能不符合預期、家庭不支持等因素
使跨性別者無法自由選擇是否進行手術，並引起許多社會制度的爭議
精神疾患
社會大眾有時會誤認「跨性別」為精神疾患，或認為跨性別者皆有精神疾患，並產生負面觀感與想法。然而從跨性別者的視角去看，其需要面對對於身體的不安，更因為社會的不友善，時常需要為自己的身分與安全感到擔憂。而日常生活之中的二元化分類，使跨性別者每分每秒都要面對社會的性別檢視，並引起恐懼與憂慮。
因此，由於外在的社會壓力加上自身的性別不安，跨性別為憂鬱症、恐慌症、焦慮症等精神疾患的好發族群。這些精神疾患不只會影響其日常生活、睡眠、身心調適，情況嚴重者更可能會出現自殘與自殺之想法或行動。
爭議
手術父母同意書
部分跨性別者在未成年時，就已認知到自己是跨性別者，並產生性別不安。但多數精神科醫師會要求未成年者須父母陪同看診，致使未受到家庭支持的個案，很難透過正常管道獲得醫療資源。因此部分個案會透過非標準流程獲得替代藥物，自行使用進而造成身體的損害
而在台灣若想進行性別重置受術，雖民法規定年滿20歲即為完全行為能力人。但醫師為了自保、減少醫療糾紛，會強制要求至少父母一方的同意，導致有些人會選擇到不須父母同意即可進行手術之國家（主要為泰國）進行性別重置手術。
在原生性別之第二性徵發育前進行治療，會比較符合跨性別者的期待。該如何及早鑑定出未成年者的性別不安，並保障未成年跨性別者的就醫權益與成年者的手術自由，是在醫學及社會之中需要受到重視與討論的議題。
免術換證
現行之國民身分證、健保卡、護照等正式文件上有（生理）性別欄位，也可透過身分證字號數字第一碼辨認生理性別。在需要拿出身分證件的場合之中（警察局、醫院、郵局銀行、出國海關等等）跨性別者可能因為已改變外型而被質疑、歧視，造成其相當大的不便。
目前台灣法律規定，若想改變法定性別，必須摘除原性別之性腺及性器官，並獲得合格之手術證明文件。然而並非所有跨性別者皆有能力或條件進行手術，因此衍伸出「免術換證」此一解決方式。
免術換證意旨：持有精神科性別不安診斷證明者，不用進行手術（免術）也能改變法定性別，並更換身分證明文件（換證），避免其受到歧視或不平等對待。
雙性人之出生性別
雙性人在出生時因尚不具有行為能力，通常醫師及父母會自行幫該嬰兒指定性別，並將另一性別之性器官摘除。若該個案長大後發現自己的性別認同，與出生時的指定性別不同，即等同是跨性別者。
就保障人權的角度而言，應等到個案成年後自行決定性別，然而同時保有兩個性別之性器官將導致發育問題。該如何權衡個人自由與發展健康，是極具爭議性的問題。